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Windows7にRStanをインストールするためにしたよくわからんこと

R

あっ, どーも僕です。


Stan2を使って自分もベイジアンの端くれになりたいのですが、RStanがなかなかインストールできずに苦戦していました。

インストール失敗のエラーメッセージは自分には理解できなったです。

で、試行錯誤していたらいきなりインストールできたので同じ悩みを抱えているかたの参考になればと思い載せておきます。ちなみに、stan1.3のときにはrstanをインストールできませんでした。stanそのもののはすんなりインストールできましたが。

追記 2013.10.26 2.0.1のインストールとか

リファレンスを全文印刷したとたんにバージョンアップしてしまいました。

.Rはset_cppo('fast')とかを設定するとMakevarsというファイルをなかにいれてでてくる。なので.Rを消してからset_cppoを使わないでインストールすればいい。なお、自分の環境ではインストールした後にset_cppoを使うとコンパイルエラーがでる。

どうやら、ちゃんとMakevarsの他の項目を設定すればそれでも動くらしいのだが、わたしには無理なので。。。。

試行錯誤したこと

次のことをやってコンソールからインストールしてみました。わたしの場合Rstudioを入れなおすことが最後の壁でした(コンソールからやってるのにまさかRstudioが原因とは)。Rcppは動くけど、rstanをインストールできない人に有効かなと思います。

ただ、どれが本当の原因かはわからないですのです.....

  • PATHからcygwinを消す
  • RtoolsのPATHを先頭に持ってくるC:\Rtools\bin;C:\Rtools\gcc-4.6.3\bin;C:\Program Files・・・
  • Rtoolsを入れなおす(ゴミゴミしてるところでチェックいれた, srcとかはいれてない)
  • Rstudioを入れなおす
  • Rを管理者として実行
  • Rのライブラリーが入ってるフォルダにあるゴミっぽいフォルダを消す(rstanインストールの失敗?)
  • マイドキュメントにある「.R」というフォルダを消す(.に注意)
  • こころを無にして通れと祈る

これらをした後に、インストール手順を順次やってみたところなんとか入りました。
自前のノートパソコンと大学のパソコンの両方に入りました。
実際にHPに載っているschoolsをやってみたところよくみるグラフがでてきました。

f:id:aaaazzzz036:20131021122241p:plain



rstanがロードできていることの確認
> sessionInfo()

R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932  LC_CTYPE=Japanese_Japan.932   
[3] LC_MONETARY=Japanese_Japan.932 LC_NUMERIC=C                  
[5] LC_TIME=Japanese_Japan.932    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] rstan_2.0.0        inline_0.3.13      Rcpp_0.10.5        matrixStats_0.8.12
[5] RColorBrewer_1.0-5 plyr_1.8           MASS_7.3-29        fortunes_1.5-0    

loaded via a namespace (and not attached):
[1] codetools_0.2-8   R.methodsS3_1.5.2 stats4_3.0.2      tools_3.0.2